Chất khử trùng là những hóa chất độc hại, được sử dụng để tiêu diệt mầm bệnh, do vậy, khi phun trực tiếp lên đàn gà thì cũng làm ảnh hưởng bất lợi đến chúng. Nhiều hóa chất khử trùng có chứa gốc amonium bậc 4 (NH4+), gốc này gây ảnh hưởng đến hô hấp do đó sẽ làm các triệu chứng trầm trọng hơn nếu đàn gà đang mắc bệnh đường hô hấp. Hiệu quả tiêu diệt mầm bệnh trong chuồng đang nuôi gà khi phun trực tiếp lên đàn gà là rất thấp.
